پس از پیروزی انقلاب اسلامی رضا خیلی زود توسط مسئولین وقت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی جذب شد. با وجود عضویت در شورای فرماندهی سپاه، مانند یک نیروی عادی همراه و دوشادوش سایرین خدمت می‌کرد. در محوطه سپاه پاسداران انقلاب اسلامی خمینی شهر، سر از پا نمی ‌شناخت. هر لحظه در جایی حضور داشت. گاه در پاس بخش و گاه در سنگرهای اطراف ساختمان بود. به همه جا سرکشی می‌کرد. در عقیدتی سیاسی سپاه، انجام کارهای فرهنگی و مبارزه با فعالیت های گروهک هایی منحرف و ضدانقلاب و انتشار نشریه را آغاز کرد. با شروع جنگ تحمیلی و حالت اضطراری در سطح شهر، مراکز امنیتی از سوی نیروهای سپاه مورد حفاظت و مراقبت قرار گرفت. رضا مؤذنی در شهر نقشی کلیدی ایفا می‌کرد. نیروها و اعزام به مراکز حساس سطح بر اساس طرح و ایده او و همکاری نیروهای سپاه بود که ساختمان نیمه کاره متعلق به پیراپزشکی در جنب دانشگاه صنعتی اصفهان برای آموزش نیروها اختصاص یافت. ارتباطات رضا با بسیاری از مبارزان دوران انقلاب اسلامی گره گشا بود. تعاملات او موجب تأمین و مبادله سلاح با دیگر مراکز انقلابی می‌شد.